Изследват се материали от дихателни пътища, уро-генитална система, стомашно-чревен тракт, ликвори, хемокултури, рани, пунктати и други за откриване на най-честите причинители на инфекции, включително на взискателни бактерии като хламидии, микоплазми, хемофилус, нейсерии и т.н. Използват се класически методи за изолиране и доказване на бактериите чрез посявка, култивиране, микроскопиране и др., както и автоматизирани методи за идентификация и определяне на антибиотична чувствителност.